ANAF a cerut, de curând, executarea silită a instituţiei gălăţene deoarece nu ar fi plătit TVA şi accize de aproape 5,5 milioane de lei către bugetul de stat. AFDJ s-a salvat în ultimul moment, după ce a atacat în justiţie decizia de executare silită, susţinând că acţiunea ar pune în pericol asigurarea adâncimilor minime de navigaţie pe Dunăre şi a pilotajului navelor maritime pe sectorul cuprins între Sulina şi Brăila.
Inspectorii Agenției Naționale de Administrare Fiscală au dat un ultimatum Administraţiei Fluviale a Dunării de Jos (AFDJ), pe 27.06.2011. AFDJ urma să plătească TVA şi accize restante în valoare de 5.478.801 lei. Dacă instituţia nu se conforma, urma să fie executată silit în termen de 15 zile, însă momentul a fost amânat după ce AFDJ a cerut la Curtea de Apel Galaţi suspendarea procedurii pe motiv că şi-ar fi plătit datoriile la stat. AFDJ a lăsat să se înţeleagă că la mijloc este o eroare de calcul şi că totul se va rezolva pe cale amiabilă, însă ANAF a avut o cu totul altă părere.
Conducerea AFDJ a invocat, totuşi, în faţa judecătorilor, că blocarea conturilor regiei ar produce pagube importante atât administraţiei, cât şi agenţilor economici ce tranzitează Dunărea. Directorul general al AFDJ Galaţi, Florin Uzumtoma, a susţinut, în cererea de chemare în judecată, că executarea silită ar pune administraţia în imposibilitatea de a mai putea asigura adâncimile minime de navigaţie pe Dunăre. Reparaţiile şi construcţiile hidrotehnice pentru asigurarea condiţiilor de navigaţie şi a pilotajului navelor maritime pe sectorul cuprins între Sulina şi Brăila, dragajele de întreţinere, semnalizarea costieră şi plutitoare şi chiar efectuarea de măsurători topohidrografice, ar avea de suferit dacă AFDJ ar plăti datoriile la stat.
Administraţia Fluvială a Dunării de Jos a venit cu acest scenariu catastrofic pentru a bloca executarea silită şi a precizat că toată acţiunea ANAF-ului este, de fapt, o greşeală, nerecunoscută însă de inspectorii fiscali. Astfel, AFDJ avea obligaţii către bugetul de stat în valoare de 1.464.000 de lei, la data de 30.04.2011, precum şi deconturi de TVA cu opţiune de rambursare şi cerere de restituire accize în valoare de 1.484.311 lei. Două luni mai târziu, pe 21.06.2011, administraţia datora statului 5.478.801 lei, ceea ce ar fi imposibil, în opinia acestora.
Alexandru Galiaţatos, directorul de navigaţie în cadrul AFDJ Galaţi, afirma că se va face o compensare, iar conflictul cu ANAF-ul va fi închis, numai că lucrurile nu stau deloc aşa. În urmă cu o lună, ANAF a cerut din nou executarea silită a regiei gălăţene, argumentând că aceștia nu au dovedit în nici un fel că li s-ar produce vreo pagubă şi nici nu au depus cauţiunea cerută de lege. Şi, pentru ca tacâmul să fie complet, a început joaca de-a executarea silită între instanţe, după ce Curtea de Apel a decis că Judecătoria Galaţi este competentă să judece dosarul.
Silvia Cernov